pereto |
diumenge, 18 de març de 2007 | 14:09h
Encara no havia digerit els nervis de la meua intervenció pública a Palma la nit de dilluns i una nova allau d’informació envaeix la biologia. A la xerrada, que tant va agradar als amics Vicent i Biel, sostenia que la quantitat d’informació que inaveix les ciències de la vida és molt superior a la nostra capacitat de pair-la: ens calen noves eines, no sols informàtiques sinó –sobretot– conceptuals. Hi ha, a més, un aspecte que no vaig tractar en profunditat per no allargar-me i cansar l’auditori: la lliure circulació d’aquesta informació és parcial. Les dades, la majoria pensem, estan accessibles en línia. Però llegir molta de la informació científica rellevant encara requereix estar subscrit a revistes, tot i l’existència de remarcables inciatives com la “Public Library of Science”, PLoS. Tot just l’endemà de la xerrada apareixen publicats en una revista d’accés lliure els primers resultats de la gran expedició per mesurar la diversitat dels microorganismes a les aigües marines.Es tracta d’una aventura ideada per J. Craig Venter, un visionari de la genòmica. Venter liderà des de l’àmbit privat la seqüenciació del genoma humà. La seua activitat sempre ha estat acompanyada de polèmiques i tensions, sobretot quan pretenia que el coneixement genòmic fos privat i patentat. Ara, en un salt endavant inconcebible en ell fa només uns anys, s’ha llançat al projecte de recol·lectar mostres d’aigua marina viatjant en el seu vaixell, el Sorcerer II, per tot el món, analitzar els genomes microbians que hi ha i posar-los a l’abast de tothom. Ho lidera des del seu propi institut i compta amb l’ajut de diverses institucions, entre altres la Fundació Moore i el institut californià de telecomunicacions i tecnologia de la informació Calit2. Precisament des d’aquesta institució s’acaba d’inaugurar CAMERA, una nova plataforma de recursos computacionals per a poder analitzar dades metagenòmiques –és a dir, els conjunts de genomes presents en l’ambient.
Venter i les seus col·laboradors publiquen en el número de març de la revista PLoS Biology, tres articles de presentació de les primeres anàlisis de 41 mostres recollides entre Nova Escòcia i l’Atol de Rangirora a la Polinèsia Francesa. La revista hi dedica un monogràfic de 112 pàgines que es pot descarregar gratis.
Aquests estudis preliminars es basen en l’anàlisi d’una quantitat de seqüencies genètiques equivalent al doble del genoma humà (és a dir, més de 6.000 milions de lletres genètiques) que codifiquen per a no menys de 6 milions de proteïnes (el doble de les presents a les bases de dades actuals!). Moltíssimes són completament noves i representen funcions bioquímiques desconegudes. Pensem que es tracta de l’anàlisi de genomes de microorganismes que ens són desconeguts, doncs l’espectre de microbis estudiats i cultivables al laboratori és molt reduït comparat amb les poblacions naturals. Els autors postulen que, atés el ritme d’identificació d’estructures noves, això significa que estem lluny de descobrir l’univers de les proteïnes que empren els organismes terrestres. S’han hagut de dissenyar nous mètodes informàtics per a manejar aquesta informació i començar a treure-li suc.
El Sorcerer II continua la seua aventura i la recol·lecta de mostres al voltant de tot el planeta, resseguint les grans rutes exploratòries del passat. La presentació mediàtica no s’ha descurat, ni tampoc s’han passat per alt els problemes que Venter enfronta amb el govern d’Equador (les mostres de les Galápagos de moment no formen part de l’estudi, mentre no es resolguen qüestions de propietat intel·lectual) ni els que tingué amb l’estat francès, a propòsit de la visita a Rangirora, on permanesqué retingut i se li prohibí agafar mostres.
Tot plegat, una gran manifestació del poder la genòmica actual i un petit avanç del que pot arribar a ser la biologia en els propers anys: descobriments de novetats imprevistes a un ritme difícil de seguir per un sol cervell. Sens dubte, el treball de Venter ens descriu l’extraordinària i insospitada diversitat i heterogeneitat de la biodiversitat de la microbiota marina. Ara, una cosa es descriure i l’altra protagonitzar un canvi de paradigma científic. La pedanteria i l’arrogància de Venter, no obstant, formen part d’una escenografia a la que ens té acostumats: comparar-se amb Darwin i el viatge de Beagle només pot ser fruit de la seua desmesurada megalomania.
Venter i les seus col·laboradors publiquen en el número de març de la revista PLoS Biology, tres articles de presentació de les primeres anàlisis de 41 mostres recollides entre Nova Escòcia i l’Atol de Rangirora a la Polinèsia Francesa. La revista hi dedica un monogràfic de 112 pàgines que es pot descarregar gratis.
Aquests estudis preliminars es basen en l’anàlisi d’una quantitat de seqüencies genètiques equivalent al doble del genoma humà (és a dir, més de 6.000 milions de lletres genètiques) que codifiquen per a no menys de 6 milions de proteïnes (el doble de les presents a les bases de dades actuals!). Moltíssimes són completament noves i representen funcions bioquímiques desconegudes. Pensem que es tracta de l’anàlisi de genomes de microorganismes que ens són desconeguts, doncs l’espectre de microbis estudiats i cultivables al laboratori és molt reduït comparat amb les poblacions naturals. Els autors postulen que, atés el ritme d’identificació d’estructures noves, això significa que estem lluny de descobrir l’univers de les proteïnes que empren els organismes terrestres. S’han hagut de dissenyar nous mètodes informàtics per a manejar aquesta informació i començar a treure-li suc.
El Sorcerer II continua la seua aventura i la recol·lecta de mostres al voltant de tot el planeta, resseguint les grans rutes exploratòries del passat. La presentació mediàtica no s’ha descurat, ni tampoc s’han passat per alt els problemes que Venter enfronta amb el govern d’Equador (les mostres de les Galápagos de moment no formen part de l’estudi, mentre no es resolguen qüestions de propietat intel·lectual) ni els que tingué amb l’estat francès, a propòsit de la visita a Rangirora, on permanesqué retingut i se li prohibí agafar mostres.
Tot plegat, una gran manifestació del poder la genòmica actual i un petit avanç del que pot arribar a ser la biologia en els propers anys: descobriments de novetats imprevistes a un ritme difícil de seguir per un sol cervell. Sens dubte, el treball de Venter ens descriu l’extraordinària i insospitada diversitat i heterogeneitat de la biodiversitat de la microbiota marina. Ara, una cosa es descriure i l’altra protagonitzar un canvi de paradigma científic. La pedanteria i l’arrogància de Venter, no obstant, formen part d’una escenografia a la que ens té acostumats: comparar-se amb Darwin i el viatge de Beagle només pot ser fruit de la seua desmesurada megalomania.
